La unidad FLACSO El Salvador inició en 1992, convirtiéndose en 1994 en una unidad permanente. Hasta 1995 concentró su actividad en proyección, difusión, capacitación y docencia no formal en temas vinculadas a democracia y desarrollo, y a la agenda pública de transición política posterior a los Acuerdos de Paz suscritos en 1992. En 1996 inició un proceso de fortalecimiento de investigación en dichos temas.

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FLACSO El Salvador impulsa una agenda de investigación que privilegia proyectos vinculados a la formulación y ejecución de políticas públicas con enfoque de desarrollo inclusivo y resiliente, con énfasis en procesos de gestión del conocimiento y acercamiento a las dinámicas territoriales.